El 10 de desembre de 2003, la Generalitat de Catalunya va aprovar l’adscripció de l’Institut de Recerca de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau com a Institut Universitari de Recerca de la Universitat Autònoma de Barcelona.

El Patronat, màxim òrgan de govern de la Fundació de Gestió de l’Institut, està integrat per la Fundació de Gestió Sanitària de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau,  la Fundació Privada de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, la Generalitat de Catalunya i la Universitat Autònoma de Barcelona.

L’Institut de Recerca canalitza les demandes i necessitats de la comunitat científica, vetlla per l’equitat en l’assignació de les necessitats dels investigadors (espais, personal, recursos materials, etc) i promou la difusió dels resultats de la recerca a la pràctica clínica. Des de 2011 és centre del sistema CERCA de Catalunya. Actualment, l’Institut és un dels centres catalans més actius en la producció de treballs d’investigació, sobretot pel que fa a la investigació traslacional i la integració de nous descobriments a la pràctica assistencial.

El 17 de maig de 2009, els esforços de l’Institut de Recerca i d’altres nou entitats del seu entorn van convergir en la creació de l’Institut d’Investigacions Biomèdiques Sant Pau (IIB Sant Pau),  centre d’investigació d’alt nivell orientat a desenvolupar noves tècniques i processos que permetin millorar la qualitat de vida del ciutadà.

Les 9 institucions que formen part de l’IIB Sant Pau són:

• Fundació de Gestió Sanitària de l’Hospital de la Sant Creu i Sant Pau.
• Fundació Institut de Recerca de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau.
• Fundació Privada de l’Hospital de la Santa Creu i Sant Pau.
• Universitat Autònoma de Barcelona.
• Fundació Puigvert.
• Banc de Sang i Teixits.
• Centre Cochrane Iberoamericà.
• Equip d’Atenció Primària Sardenya, SLP.
• Agència de Salut Pública de Barcelona.

Són aliats naturals que, per proximitat i història, han realitzat conjuntament treballs d’investigació o col·laboren en altres àmbits científics. La seva integració en l’IIB Sant Pau suposa un gran salt qualitatiu per impulsar la recerca traslacional, que fa de pont entre la investigació bàsica i la clínica.

Els beneficis més tangibles de l’activitat de l’IIB Sant Pau són la divulgació dels coneixements científics i, sobretot, l’aplicació dels descobriments a la pràctica clínica, és a dir, a la cura dels pacients.

El futur de l’Institut de Recerca i de l’IIB Sant Pau passa per la construcció d’un nou edifici que es destinarà a aglutinar l’activitat investigadora de Sant Pau, avui dispersa en l’antic recinte. Les nova edificació es construirà dins el mateix recinte de l’Hospital, el que permetrà la contínua relació dels investigadors, tant de l’Institut de Recerca com de la resta d’institucions de l’IIB Sant Pau, amb els professionals de l’Hospital.